تم إحداث الطيران المدني بعد الاستقلال كإدارة تابعة لوزارة الأشغال والمواصلات ثم تحولت إلى مديرية عامة مرتبطة بنفس الوزارة وذلك في بداية الخمسينيات. وفي عام 1958 ألحقت بوزارة الحربية ثم بوزارة الدفاع عام 1961 ومن ثم بوزارة النقل بموجب المرسوم التشريعي رقم /93/ لعام1974. وقد لخص المرسوم التشريعي لعام 1961 مهام الطيران المدني بتمثيل القطر خارج أراضي الجمهورية السورية لتنفيذ أنظمة الطيران المدني الدولية وذلك تنفيذاً للمادة /37/ من معاهدة الطيران المدني الدولية الموقعة في شيكاغو عام 1944، حيث أصبح القطر العربي السوري طرفاً فيها لاحقاً بعد الاستقلال. كذلك حددت معاهدة شيكاغو القواعد الأساسية والتسهيلات والتوصيات المتعلقة بالطيران المدني الدولي والمدرجة بالملحق التاسع لهذه المعاهدة في اجتماع المنظمة. في 5/2/1949 صدر القانون رقم /20/ تاريخ 9/11/2003 بإحداث المؤسسة العامة للطيران المدني لتحل محل المديرية العامة للطيران المدني كمؤسسة عامة ذات طابع اقتصادي وتتمتع بالاستقلال المالي والإداري وترتبط بوزارة النقل وتخضع لأحكام المرسوم التشريعي رقم /20/ لعام 1994. يتولى إدارة المؤسسة العامة للطيران المدني مجلس إدارة المؤسسة/ مدير عام المؤسسة العامة للطيران المدني. كما تم اعتماد النظام الداخلي المرافق للمؤسسة العامة للطيران المدني والذي صدر بالقرار رقم 733 تاريخ 23/5/2004